يكمن خطر مرض حساسية القمح في ان الجهاز المناعي يتفاعل مع بروتين الجلوتين ويهاجم بعض أعضاء الجسم ومنها الهديبات الموجودة في الامعاء الدقيقة والمسؤولة عن امتصاص الغذاء مما يؤدي الى ضمورها وعجزها عن العمل والتي قد تتحول هذه التقرحات لأورام سرطانية